1、作用不同
好氧降解，是指在有氧的条件下，利用好氧微生物将环境中有机大分子化合物分解为小分子物质的过程。
厌氧降解，是指在厌氧条件下，一些嫌气性微生物将环境中有机大分子化合物分解为小分子物质的过程。
2、产生的反应不同
好氧降解时，微生物对多环芳烃的降解都是需要氧的参与，产生加氧酶，在加氧酶的作用下使苯环分解。
厌氧降解时，沉积物中一些微生物以硝酸盐或硫酸盐作为电子受体，多环芳烃可以发生无氧降解。
3、产物不同
好氧降解的真菌主要产生单加氧酶，首先进行多环芳烃的羟基化，把一个氧原子加到多环芳烃上，形成环氧化合物，接着水解生成反式二醇和酚类。
厌氧降解的微生物对多氯联苯的厌氧脱氯有两种方式：一种是共代谢，即微生物利用葡萄糖、乙酸等物质作为电子供体，使多氯联苯在厌氧条件下还原脱氯。
参考资料来源：百度百科-厌氧降解
参考资料来源：百度百科-好氧降解
最大的区别就是处理环境. 厌氧生物处理就是在厌氧条件下微生物降解废水中挥发性有机物的有机物好氧生物处理就是在有氧条件下微生物降解废水中的有机物其次是所能处理的有机物. 厌氧生物处理处理大分子量的有机物. 主要是将大分子量的有机物分解成较小分子量的有机物并将其中一部分的有机物转化成甲烷等可利用的能非甲烷总烃测试源好氧生物处理处理经厌氧生物处理后的废水中分子量较小的有机物并将其分解成无机物, 分解的无机物在二沉池加入一定量的混凝剂和/或絮凝剂将其沉降与水分离从而达到废水净化的目的厌氧处理是利用厌氧菌的作用,去除废水中的有机物, 通常需要时间较长. 厌氧过程可分为水解阶段、酸化阶段和甲烷化阶段. 水解酸化的产物主要是小分子有机物 ,使废水中溶解性有机物显著提高, 而微生物对有机物的摄取只有溶解性的小分子物质才可直接进入细胞内, 而不溶性大分子物质首先要通过胞外酶的分解才得以进入微生物体内代谢. 例如天然胶联剂（主要为淀粉类）, 首先被转化为多糖,再水解为单糖. 纤维素被纤维素酶水解成纤维二糖与葡萄糖. 半纤维素被聚木糖酶等水解成低聚糖和单糖. 水解过程较缓慢,同时受多种因素的影响, 是厌氧降解的限速阶段. 在酸化这一阶段,上述第一阶段形成的小分子化合物在发酵细菌即酸化菌的细胞内转化为更简单的化合物并分泌到细菌体外, 主要包括挥发性有机酸（VFA）、乳醇、醇类等,接着进一步转化为乙酸、氢气、碳酸等. 酸化过程是由大量发酵细菌和产乙酸菌完成的,他们绝大多数是严格厌氧菌, 可分解糖、氨基酸和有机酸. 好氧池的作用是让活性污泥进行有氧呼吸,进一步把有机物分解成无机物.去除污染物的功能.运行好是要控制好含氧量及微生物的其他各需条件的最佳,这样才能是微生物具有最大效益的进行有氧呼吸
