共47个河湖纳入重点跨界水体范围，日常管理实行轮值制，原则上轮值期为一年。轮值期间牵头单位至少组织一次联合河(湖)长共同巡河，研究确定联合河(湖)长制目标任务，共同解决重大问题、推进重要工作。
此外，三地还将聚焦示范区水资源、水环境、水生态核心问题，建立系统联保共治机制，并在示范区跨界水体管理保护领域逐步推广。
除此之外，川渝两地也探索建立了联合河长制。
2020年4月29日，川渝双方确定共同组建“川渝河长制联合推进办公室”，推动跨界河流联防共治。到9月17日，川渝两地河长制联合推进办公室正式完成组建。
双方将重点针对81条流域面积50平方公里以上的跨界河流，开展污水偷排、直排、乱排以及“清四乱”工作，推动建立两省市省级河长联席会议制度，建立联合巡查制度，联合督促重点工作落实，建立跨省界河流环境污染联防联控制度，建立流域生态环境事故协商处置制度等。
相关负责人表示，未来川渝河长制联合推进办公室将坚持“一河一策”两商定，一张清单管两岸，一次督查两交办。
联合河长制的出现并不是偶然，以前更多的是在省内多个城市或流域进行联合。
比如，9月24日，南京市水务局在新闻发布会上表示，正在探索跨界河湖设立联合河湖长，开展联合巡河护河行动，实现上下游、左右岸治理措施协调同步，推进联防联控。共同巡河、护河、治河，发现的问题事项，并实现信息共享，包括水质监测数据、河湖管控数据、水污染防治进展数据、执法监管数据等。
2019年11月14日，无锡、苏州联合河长制启动；随即，单家塘浜治理项目启动；日前，江苏无锡市新吴区联合苏州市相城区建立跨界河湖联合河长制，聘任了跨界河湖镇(街道)级、村级河长为联合河(湖)长，共同开展巡河、治河、护河工作，构建跨界河湖“联防联治、共建共管”的工作机制。
跨省进行联动仍在探索中，未来将会在更多地方得到推广。目前很多地方开展“河长+检察长”协作机制，进一步提升“河长制”在河湖系统保护和水生态环境持续改善方面的效用发挥。比如，福建三明市以市、县两级推进“河(湖)长 检察长”协作，在省内率先实现河(湖)长 检察长协作全覆盖。
还有内蒙古、广西南宁、河南、宁夏等地落实“河长+检察长”联动机制协同配合、信息共享等。
流域作为一个生态系统，具有不可分割的整体性，通过联合治理，能进一步完善多方协同保护机制，实现水环境的持续改善，由此可知，联合河长制实施后带来的治水效果值得期待。
