(1)企业运行体制不完善，趋同化倾向严重。具体表现在大型国有企业运行机制存在问题，不能很好的发挥好骨干作用;众多中小企业蜂拥而上，缺乏技术缺乏资金，低水平重复的较多，仪器的质量和性能均不能与国外进口仪器抗衡。
(2)产品结构不合理。技术含量高的产品短缺，低档产品供大于求，存在供求矛盾，无法适应严格的环境管理需要。目前，环境监测仪器行业的规模小、技术水平落后、竞争无序化等问题，尤其技术性能不稳定、成套性水平低等问题而导致中低档产品供大于求，同时高质量高性能的环保仪器国内又没有生产，大多依靠进口。
(3)研究开发能力较低。我国企业的研发能力同国外企业仍有不小的差距，同时科研单位与企业之间也缺乏紧密合作的机制，科研成果不能快速实现产业化。政府对开发研制环境科学仪器的投资和风险投资也不足。
