缺点是:投资大,费用较氯化消毒高;水中O3不稳定,控制和检测O3需一定的技术;消毒后对管道有腐蚀作用,故出厂水无剩余O3因此需要第二消毒剂;与铁、锰、有机物等反应,可产生微絮凝,使水的浊度提高;臭氧氧化含有溴离子的原水时会产生溴酸根。溴酸根已被国际癌症研究机构定为2B级潜在致癌物,WHO建议饮用水的最大溴酸根含量为25μg/L,美国环保局(USEPA)饮水标准中规定溴酸根的最高允许浓度为10μg/L。臭氧氧化过程中溴酸盐的生成有臭氧氧化和臭氧/氢氧自由基氧化两种途径,控制溴酸盐可以从控制其形成和生成后去除两个方面进行。降低pH、添加氨气、氯-氨工艺和优化臭氧化条件是控制溴酸盐形成的方法,溴酸盐生成后则可以利用物理、化学和生物方法去除。因此要实现臭氧、致病菌与溴酸盐三者的平衡需进一步探讨臭氧灭菌机理及溴酸盐控制方法。